1) Tienez razon, voy a corregirlo en CVS y liberare de nuevos las fuentes :)
2) -Dava.library.path es una forma alterna, de hecho es inconveniente si tienes que modificar un script cuando llamas a Java. Definiendo una variable de entorno te ahorras ese problema.

Vamos a ver que tal sale un proximo experimiento, por ahora estoy bien pichon aprendiendo los detalles :D

1- pid_t es definida como un signed int (http://www.delorie.com/gnu/docs/glibc/libc_566.html) por lo que en plataformas 64bits puedes llegar a tener problemas, asi que te recomiendo que en el lado de Java uses un long.
2- no es necesario usar LD_LIBRARY_PATH, puedes usar “java -Djava.library.path=/ruta/a/la/libreria”